Van Akdamar turu sırasında bu kilisenin mimarisine hayran kalacaksınız. Aynı zamanda kilise dış cephelerinde bulunan figürlü taş plastik ile de dikkat çekmektedir. Plan bakımından ise merkezi kubbeli olan, dört yapraklı yonca şeklinde olan haç planına sahip bir yapıdır. Orta mekanı yüksek kasnaklı, içten kubbeli, dıştan piramidal bir külah ile örtülüdür. Kubbenin yüksekçe tutulması kilisede görülen dikey etkiyi açık bir şekilde ortaya koymaktadır. Bu kiliseye güneyden ve batı tarafından birer kapı ile girilir.
Van Akdamar Kilisesi etrafı sonraki dönemlerde ilave yapılar ile kuşatılmıştır. Kilise de oldukça zengin içerikli bir figür alanı bulunur. Aynı zamanda incilden ve tevrattan çeşitli sahnelere de yer verilmiştir. Bu sahnelerde Yunus Peygamber’in denize atılışı, Adem ve Havva'nın cennetten kovuluşu, Hz Meryem ve kucağında İsa, ateş içinde üç tane İbrani genci, Hz Davut ve Kral Goliat mücadelesi, Aslan ininde Daniel ve Samson Filistinli ikilisi gibi konular işlenmiştir.
Cephenin altında ve üst kesimlerinde asma sarmaşığı kuşakları vardır. Bu kuşaklar içinde ise yine çeşitli dünyevi sahneler işlenmiştir. Güreşçiler, av sahneleri, saray ile alakalı sahneler ve çeşitli hayvanlar bu ilgi çekici konulardan bazılardır. Yine doğu cephesi ortasında asma sarmaşığı içinde Abbasi halifesinin elinde kadeh ile bağdaş kurmuş bir halde ve diğer elinde üzüm salkımıyla sahnesi işlenmiştir.
Van Akdamar turu sırasında dini, dünyevi sahneler dışında hayvan figürü konusunda da bir çeşitlilik göreceksiniz. Aralarda serbest işlenmiş bir şekilde, çatıların alt kısımlarında ve asma sarmaşıkları içinde zengin içerikli hayvan figürleri görmeniz mümkün.
Manastır topluluk tarihi IX. yüzyıla kadar iner. Daha sonraları 1462 senelerinde yenilenmiş olan kilise, 1703'de meydana gelen depremde zarar gördüğü için 1712 ile 1720 tarihleri arasında tekrar bir onarım geçirmiştir. Bu kilise doğu batı yönünde dikdörtgence bir alana oturtulmuştur. Orta kısımda bulunan merkezi kubbe, batı tarafından iki tane serbest ayak ile dışı yönünde dört kemerle taşınır.