Midyat Deyrul Zafaran Manastırı bilindiğine göre İsa peygamberden sonra 5. yy.da inşa edilmiştir. Muhteşem bir yapıya sahip olan bu manastır aynı zamanda önemli Süryani Kilise merkezlerindendir. 1932 senesine kadar, 640 yıl süresince burası Süryani Ortodoks patrik ikametgah yeri olmuştur.

Bu manastır Mardin ilinin 4 kilometre kadar doğusunda küçük bir dağın yamacında tam olarak Mardin ovasına hakim olan bir noktadadır. 3 katlı olan Manastır 5. yüzyıldan başlamak üzere farklı dönemlerde yapılan eklentiler ile bugünkü haline 18. yüzyılda ulaşmıştır. Bu farklı zaman dilimlerinde yapılmış olan eklentilere rağmen söz konusu Manastır adeta tek bir mimar tarafından inşa edilmiş gibi bir bütünlüğe sahiptir. Bu da eklentileri yapmış olan mimarların ne kadar iyi olduğunu göstermektedir.

Bu manastırın üzerine inşa edilmiş olduğu kompleks yapı milattan önce Güneş Tapınağı ve daha sonraları ise Romalılar tarafından kale olarak kullanılmış olan bir alandır. Romalılar bu bölgeden çekildikten sonra Aziz Şleymun bazı azizlerin bu kaleye kemiklerini getirtmiş ve burayı bir manastıra çevirmiştir. Bu yüzden bu Manastır daha önceleri Mor Şleymun Manastırı ismi ile de anılıyordu. Bu manastırın Deyrul Zafaran, diğer adıyla Safran Manastırı ismini alması 15. yüzyıl sonrası Manastır çevresinde yetişen Safran bitkisi sebebiyledir.

Kemerli sütunları, kubbeleri, iç ve dış mekanlarında bulunan taş nakışları ve ahşap el işlemeleri ile ilgi çekici olan bu Manastır uzun süre boyunca Süryani Kilisesi dini eğitim merkezi olmuştur. 4. Petrus bu bölgeye ilk defa matbaa getirmiş ve yine bu manastır içinde patriklik yapmış ve 1895 senesinde vefat etmiştir.

1874 senesinde İngiltere'ye seyahat ettiği bir sırada matbaa satın almış ve 1876 senesinde bu matbaayı manastıra getirmiştir. Bu matbaada 1969 senesine kadar başta Süryanice kitaplar olmak üzere Osmanlıca, Türkçe ve Arapça kitaplar ile birlikte 1953 yılına kadar aylık bir dergi de basılmıştır. Bu matbaanın geriye kalmış olan parçalarının bir bölümü manastırdadır. Diğer bir kısmı ise Mardin'de bulunan Kırklar Kilisesi içinde sergilenmektedir.

Manastır bugün hala Süryani Kilisesi olarak önemli bir dini merkez görevi üstlenmektedir. Bu Manastır dünya üzerindeki birçok Süryani tarafından bereket ve afiyet istemek için ziyaret edilir. Yine binlerce yabancı ve yerli turist bu Midyat Deyrul Zafaran Manastırı ziyaret etmek için zaman zaman bu bölgeye gelir.